不二阿祖山太神宮を理解する上で避けて通れないのが、日本三大古史古伝の一つに数えられる『宮下文書（みやしたもんじょ / 富士古文献）』の存在です。通説の日本神話とは大きく異なり、太古の富士山麓には神武天皇以前から高度な文明を誇る「富士高天原王朝」が存在し、その総本山として栄えたのが不二阿祖山太神宮であると伝えられています。
伝承によれば、度重なる富士山の噴火や歴史の荒波によって神殿は埋没・衰退したとされますが、この太古の聖地を現代に蘇らせるべく、渡邉政男大宮司を中心とする崇敬者組織によって富士吉田市大明見の地で大規模な再建事業が進められてきました。
現在祀られている主祭神は、宇宙根源の神とされる天之御中主神（あめのみなかぬしのかみ）、大地を司る国常立太神（くにとこたちのおおかみ）、そして大国長生主太神（おおくにながいくしぬしのおおかみ）を総称した「富士太神（ふじおおかみ）」です。神仏習合以前、あるいは縄文以前の超古代信仰を標榜しており、境内に足を踏み入れると一般的な神社とは一線を画す厳かな古代様式が随所に散見されます。
