妊娠中の投薬を考える上で、最も重要な変数が「妊娠の週数（時期）」です。妊娠初期と中期以降では、薬剤が胎児に及ぼす影響の性質が根本的に異なります。
妊娠初期（妊娠4週〜15週）：器官形成期の慎重なコントロール
受精卵が着床し、赤ちゃんの脳、心臓、手足、内臓などの重要器官が作られる妊娠初期の花粉症薬と胎児への影響については、最も慎重な配慮が求められます。特に妊娠4週から7週末にかけての「絶対過敏期」は、奇形発生のリスクが最も高まる時期です。この時期は全身に循環する内服薬を極力控え、鼻粘膜や眼球のみに作用する外用薬（ステロイド点鼻薬や抗アレルギー点眼薬）を第一選択とするのが医学的な王道です。どうしても内服が必要な場合も、催奇形性リスクが否定されている安全実績の豊富な薬剤が慎重に選定されます。
妊娠中期〜後期（妊娠16週〜出産直前）：胎児毒性と分娩への影響を考慮
胎盤が完成する妊娠中期・妊娠後期の花粉症処方薬においては、形態的な奇形のリスクはほぼなくなります。その代わりに留意すべきは「胎児毒性」です。薬剤が胎児の発育や羊水量、出生後の呼吸機能などに悪影響を及ぼさないかという視点で管理されます。この時期になれば、長年の臨床実績がある抗ヒスタミン薬の内服も医師の管理下で柔軟に使用できるようになります。ただし、分娩直前には胎児の呼吸や心拍への影響を避けるため、使用薬剤の微調整が行われます。
