私立薬学部に進学する上で最大の関門となるのが学費負担です。神戸薬科大学の学費体系は、私立薬科大学の全国平均と比較しても極めて適正な水準に抑えられています。
初年度納付金は約225万円（入学金、授業料、施設設備費、実習費等を含む）、2年次以降は年間約190万円〜200万円となり、6年間の学費総額は約1,200万円前後です。全国の私立薬学部6年制課程の平均総額（約1,250万〜1,400万円）と比較すると、施設設備の充実度に対して良心的な設定と言えます。
さらに注目すべきは、手厚い奨学金制度の存在です。神戸薬科大学では独自の支援策が複数整備されています。
- 特待生制度（入試成績優秀者支援）：一般選抜等の上位合格者を対象に、初年度または複数年次の授業料を減免する制度。
- 神戸薬科大学奨学金（給付型）：学業優秀でありながら経済的理由により修学が困難な在学生に対し、年額数十万円を給付。
- 緊急・応急奨学金：家計急変時に迅速に学費をサポートするセーフティネット。
これらに加え、日本学生支援機構（JASSO）の給付・貸与奨学金や、将来の勤務を条件とした各病院・調剤薬局グループの修学資金貸与制度を活用することで、経済的負担を大幅に軽減しながら卒業を目指す学生が多数在籍しています。
