薬剤の服用心当たりがない場合、生活習慣の乱れや全身の健康状態が黒ずみの根本原因になっていることがあります。
代表的な外的要因がタバコの影響です。タバコに含まれるタール成分そのものが舌表面に吸着するだけでなく、ニコチンの血管収縮作用によって唾液の分泌量が激減します。唾液による自浄・抗菌作用が失われることで、角化と色素沈着が急速に加速します。
さらに見逃せないのが、ストレスや胃腸機能の低下です。過度のストレスや慢性的な消化器系の不調は、自律神経を乱して口内を極度に乾燥（ドライマウス）させます。胃炎や十二指腸潰瘍などによって体力が落ち、免疫力が低下したタイミングでもカンジダ菌の活性化を招きます。
極めて稀なケースですが、舌にできた「黒いシミ」が擦っても全く形を変えず、盛り上がりやしこり、出血を伴う場合は、悪性黒色腫（メラノーマ）や血管腫などの重篤な病変である可能性も否定できません。「全体的な毛のような付着物」か「境界線が歪な単一の病変」かを見極める視点が求められます。
