特殊小型船舶操縦士の総合合格率は公称90%前後と高水準を維持していますが、それは教習所の丁寧なカリキュラムに支えられている結果に過ぎません。現場の試験員やインストラクターが口を揃える「不合格者の典型パターン」を深掘りすると、水上バイク特有の操作性と安全確認の甘さが浮き彫りになります。
実技試験は大きく分けて「発航前点検」「基本操縦（直進・スラローム・旋回・危険回避）」「人命救助」「係留・解らん」で構成されています。この中で最も落第者を出しやすいトラップが「人命救助」と「スラローム時の急減速」です。
水上バイクは推進力としてジェットポンプを採用しているため、構造上スロットルレバーを完全に離してエンジン回転数を落とすと舵がほとんど利かなくなるという特性を持っています。実技試験のスラローム（連続障害物通過）において、恐怖心からブイの直前でアクセルを完全に抜いてしまい、艇がそのまま直進してブイに激突・コースアウトする受講生が目立ちます。波の抵抗に負けずに適度な推力を保ちながら旋回する感覚は、頭で理解していても身体がすくむポイントです。
さらに致命傷となるのが人命救助項目です。水面に浮かせたブイ（擬似遭難者）を回収する課題ですが、焦るあまりブイに艇体を衝突させたり、救助者側に船体を寄せる際、後進をかけたままでプロペラ・ジェット吸水口付近へ巻き込む危険動作を犯すと、その瞬間に重大な減点あるいは即時不合格判定が下されます。日頃の車運転の癖で「目視確認を怠り首を動かさない」「発進前の前後左右・安全よし！の発声を省略する」といった基本動作の欠落も、減点が積み重なる主原因です。
