山頂がどちらの県にも属さない理由をさらに追究すると、土地の所有権をめぐる壮絶な歴史に行き着きます。富士山の八合目以上（標高約3,711メートル以上）の約385万平方メートルは、国が管理する国有地ではなく、静岡県富士宮市に本宮を構える「富士山本宮浅間大社奥宮私有地」です。
この権利の起源は江戸時代初期にさかのぼります。1606年（慶長11年）、天下人となった徳川家康が浅間大社への崇敬の念から、富士山八合目以上の支配権・管理権を同社に寄進しました。江戸幕府の庇護のもと、浅間大社は山頂の霊場を管理し続けてきましたが、明治維新によって事態は激変します。
1871年（明治4年）、明治新政府は「上知令」を発布し、全国の寺社領を没収して国有地に編入しました。富士山八合目以上も例外ではなく、国の所有物とされてしまったのです。第二次世界大戦後、宗教法人法のもとで旧境内地の返還運動が全国で起きる中、浅間大社も国を相手取り、山頂の所有権確認を求めて名古屋地方裁判所に提訴しました。これが世に言う富士山頂上裁判の経緯です。
裁判は泥沼の長期戦となり、提訴から約20年の歳月を経た1974年（昭和49年）4月9日、最高裁判所が浅間大社側の主張を全面的に認める判決を下しました。江戸幕府による寄進の正当性と、長年の信仰活動の実態が司法によって裏付けられた瞬間でした。その後、気象庁の富士山特別地域気象観測所（旧富士山測候所）などの公有地切り離し協議や測量作業を経て、2004年（平成16年）12月に名実ともに浅間大社への土地無償譲渡が完了しました。
