公明党と創価学会を巡る議論で最も頻繁に持ち上がるのが、日本国憲法第20条が定める「政教分離の原則」との整合性です。一部で「宗教団体が政治活動を行うこと自体が違憲ではないか」という言説が散見されますが、憲法学および歴代政府の公式見解は明確に異なります。
憲法第20条第1項後段および第3項は、「いかなる宗教団体も、国から特権を受け、又は政治上の権力を統治してはならない」「国及びその機関は、宗教教育その他いかなる宗教的活動もしてはならない」と定めています。ここでの主語はあくまで「国家（統治機構）」であり、「国家が特定の宗教を公認したり、国費で優遇したりすること」を禁止する制度的保障です。
内閣法制局の一貫した国会答弁においても、「憲法の政教分離原則は、信教の自由を保障するために国家権力の宗教的中立性を求めたものであり、宗教団体やその信徒が個人の基本的人権として政治活動を行うこと、政党を結成して国政に参加することを禁止する趣旨ではない」と整理されています。もし宗教団体の信徒であるという理由だけで政治参加を禁じれば、それこそが憲法14条（法の下の平等）や憲法19条（思想・良心の自由）、憲法20条第1項前段（信教の自由）を侵害する違憲状態に陥るためです。
