医療水準の均一化と最新エビデンスの実践を支えているのが、行政および専門学会による指針である。厚生労働省は難治性疾患克服研究事業の一環として調査分析を継続しており、全国規模の疫学調査データは発生動向や治療成績の把握に大きく貢献している。これにより、地域や施設による医療格差をなくす基盤が整えられてきた。
また、日本川崎病学会が策定・改訂を重ねる「川崎病急性期治療ガイドライン」は、臨床現場における診療基準の絶対的な指針である。初期治療の開始タイミング、薬物療法の選択アルゴリズム、重症度評価の指標などが詳細に定められており、医療チーム全体が共通の標準的プロトコルに基づき、迅速かつ安全な治療・看護を提供する体制が強化されている。