初めてコメダのモーニングを利用する人が戸惑いがちなのが、注文の流れだ。手順はシンプルで、午前11時より前に席に着き、ドリンクを注文するだけでよい。スタッフから「パンはどちらになさいますか？」と確認されるか、もしくは注文時に自ら「山食パン（トースト）でお願いします」または「ローブパンでお願いします」と伝えればそれで完結する。
トッピングについては、選択肢が複数用意されている。標準的な選択肢として多くの店舗で提供されているのは「ゆで玉子」と「たまごペースト」の2択だ。たまごペーストはゆで卵をマヨネーズとともに潰したクリーム状のもので、コメダのモーニングを語る上で外せないアイコニックな存在。SNSでは「たまごペーストが一番好き」「あのペーストのためにコメダに行く」といった声が定期的に溢れるほど、根強いファンがいる。
一部の店舗では卵かけご飯スタイルのオプションが提供されていたこともあるが、これは地域限定・季節限定の扱いで、常設ではない。地域限定メニューについては後述するが、名古屋圏の店舗が特に実験的なメニューを試みる傾向がある。
追加でコールスロー・ヨーグルト・ミニサラダなどをオーダーしたい場合は、注文の際にスタッフに伝える。この際、170〜300円程度の追加料金が発生するため、会計時に驚かないよう事前確認しておくことを推奨する。
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