併設型中高一貫校を検討する保護者が最も不安視するのが、「中学校から入学した内進生」と「高校から入学した高入生（外進生）」の人間関係や学力格差の壁です。
ネット上の噂では「内進生がグループを形成しており、高入生が孤立しやすい」「難関大実績は内進生が独占している」といった言説が散見されますが、これは事実と異なる典型的な誤解です。
実際のカリキュラム構造を紐解くと、愛知高等学校では中高一貫コースの生徒と、高校から入学した生徒は3年間完全に別クラス編成（別カリキュラム）で学業を進めるシステムを採用しています。先取り学習で高校課程の多くを早期に終えている一貫生と、高校入試を経て基礎学力を完成させてきた高入生とで、無理に混合クラスを作ることはありません。部活動や学校行事（文化祭・体育祭）では活発に交流しつつも、学習進度においてはそれぞれの適正なペースが厳格に守られています。
さらに見逃せないのが、愛知高等学校 推薦枠と系列大学への進路の実態です。母体である学校法人愛知学院には愛知学院大学があり、歯学部や薬学部を含む医療系学部に強力な内部推薦ルートが存在します。一般的には「系列大進学者が大半なのではないか」と誤解されがちですが、実際には約8割以上の生徒が他大学（国公立大・難関私大）への一般選抜・公募制選抜に挑みます。系列大への推薦権を足がかりにしつつ、果敢に難関大へチャレンジできる環境こそが、この学校の隠れた強みといえます。
