処方薬を飲んでいるにもかかわらず、3日以上経過しても症状が改善しない、あるいは悪化している場合には明確な原因が存在します。
1. 原因菌に対する耐性菌の存在
処方された抗生物質に対して抵抗性を持つ菌（ESBL産生大腸菌など）に感染している場合、薬が十分に効力を発揮しません。この場合は尿培養検査の結果に基づき、感受性のある別の系統の薬剤へ切り替える必要があります。
2. 細菌性以外の疾患（間質性膀胱炎・過活動膀胱など）
排尿トラブルの原因が細菌感染ではなく、膀胱の筋肉トラブルや原因不明の慢性炎症（間質性膀胱炎）、あるいは結石や腫瘍であるケースです。これらには抗生物質が無効であるため、専門的な泌尿器科的アプローチが求められます。
3. 感染が腎臓へ波及した「腎盂腎炎（じんうじんえん）」
膀胱の菌が尿管を伝って腎臓まで達すると、38度以上の高熱、激しい腰や背中の痛み、吐き気などの全身症状が現れます。この状態は重症であり、経口薬の通院治療ではなく点滴や入院加療が必要となる緊急事態です。
