本作の評価を不動のものにしているのが、ルート選択によるキャラクター性の劇的な転換と、戦闘システムに組み込まれた演出の凄まじさです。
Pルート（True Pacifist）：絆の回復と真実のラボ
誰一人として命を奪わないPルートでは、アルフィーの過去の過ち（死に瀕したモンスターにケツイを投与した結果生まれた異形「アマルガム」たちの存在）を受け止め、モンスター全員が心を一つにして主人公を守る展開が描かれます。ラスボスであるアズリエル・ドリーマーとの戦闘は、「たたかう」ではなく「すくう（SAVE）」コマンドによってキャラクターたちの記憶と心を取り戻していく構成となっており、ゲーム的快感と物語のカタルシスが完璧に融合しています。
Gルート（Genocide）：英雄の誕生と絶望の審判
一方、エリア内のモンスターを根絶やしにするGルートでは、普段はコミカルなキャラクターたちが「世界の守護者」へと変貌します。
- 不死身のアンダイン（Undyne the Undying）：モンスターの防衛本能とニンゲンのような「決意」を結実させ、文字通りの英雄として立ちはだかる。放たれる猛烈な槍の連打は、プレイヤーの虐殺行為に対する痛烈な抵抗。
- サンズ（Sans）：最後の回廊にて、ゲームの基本ルール（ターン制、無敵時間、枠線内での攻撃）を完全に破壊する最凶のボスとして登場。プレイヤーが死ぬたびにセリフを変化させ、画面の向こう側の「プレイヤーの異常な執着」を徹底的に罵倒する。
