「部活動が盛んな高校は大学進学に弱いのではないか」という懸念を持つ親世代もいますが、近年の都立城東高校の進学実績はその先入観を覆す伸びを見せています。学校側の公表データによると、卒業生の多くが四年制大学へ進学し、手堅い合格実績を積み上げています。
大学合格実績の詳細を見ると、国公立大学では千葉大学、埼玉大学、東京学芸大学、電気通信大学、東京都立大学などに毎年二桁台の合格者を輩出。私立大学ではGMARCH（明治大学、青山学院大学、立教大学、中央大学、法政大学、学習院大学）が主要な合格ターゲットとなっており、毎年100名〜150名規模の合格総数を記録しています。さらに、成蹊・成城・明治学院や日東駒専（日本大学、東洋大学、駒澤大学、専修大学）の合格層も厚く、堅実な進路設計がなされています。
この進学実績を支えているのが、学校独自の教育システムです。城東高校では3学期制・1コマ50分授業をベースに、年間約20回におよぶ土曜授業を実施。1・2年次は文理を固定せず全員がバランスよく基礎学力を固め、3年次から各自の志望校（文系・理系・国公立型）に合わせた多彩な選択科目へと分岐します。夏期講習や放課後補習も教員主導で充実しており、大手予備校に依存しきらずに合格を勝ち取る現役志向の強さが際立っています。
