MEGAドン・キホーテ函館店（美原1丁目）の大きな強みは、函館市街地でも屈指のワイドな営業時間設定にあります。直営フロアの営業時間は朝8:00〜翌1:30（深夜1時30分）となっており、通勤前の急な調達から仕事帰りのレイトショッピングまで余裕を持って対応できる体制が整っています。
ただし、施設全体が深夜まで一斉に開いているわけではありません。テナント専門店やサービスカウンター、調剤薬局などは営業時間が個別に設定されており、多くの専門店は10:00〜20:00または21:00頃に営業を終了します。深夜営業の時間帯は主に「直営の食品・日用品・衣料・家電・バラエティ雑貨フロア」が中心となるため、専門店目当てで訪れる際は注意が必要です。
早朝8時からの営業開始直後は、生鮮食品やベーカリーの出来立て商品が並び始める狙い目の時間帯です。混雑を避けて落ち着いてまとめ買いを済ませたい地元ユーザーにとって、この朝の時間枠は定番の買い物ルートとして定着しています。
