黄金期を過ぎた後のドラゴンズは、指揮官の交代劇において深刻な組織的課題を露呈してきました。その代表例が谷繁元信監督の電撃休養（事実上の解任）と、立浪和義監督の3期連続最下位による退任です。
2016年シーズン途中に起きた谷繁元信監督の解任劇は、当時ゼネラルマネージャー（GM）を務めていた落合氏との編成権・起用法を巡る主導権争いが決定打になったと当時の球界関係者は証言しています。「選手兼任監督」という過重な負担に加え、フロントとのコミュニケーションパイプが機能不全に陥った結果、現場が孤立する構造的歪みを生み出しました。
また、ミスタードラゴンズとして満を持して就任した立浪和義監督（2022〜2024年）の退任理由は、「若返りを急ぐあまりの得点力低下と打線の固定難」にありました。阿部寿樹選手や京田陽太選手ら中堅主力選手をトレードで放出し、細川成也選手や中田翔選手の獲得など積極策を打ち出したものの、3年連続でリーグワーストクラスのチーム打率・得点数に低迷。自著や退任会見でも語られた「勝てなかった全責任は私にある」という言葉通り、結果責任を取る形での退任となりました。
