現在の北海道科学大学高校は、難関大学進学を目指す「特別進学コース」と、系列大学への進学や多様な進路実現を図る「進学コース」の2コース体制を軸に展開しています。札幌圏の私立高校市場において、確固たるポジションを築き上げています。
模試データおよび入試統計によると、特別進学コースの偏差値は58前後、進学コースの偏差値は48前後で推移しています。公立高校との併願パターンとしては、特別進学コースが札幌月寒や札幌啓成、札幌手稲といった中堅上位公立校の滑り止め・併願先として選ばれやすく、進学コースは札幌西陵や札幌英藍、札幌あすかぜなどの併願先として定着しています。
入試形態は「単願推薦入試」「専願入試」「一般入試」に分かれており、推薦入試の合格ラインとしては、特別進学コースで内申ランクB〜C以上、進学コースでD〜Eランク以上が一般的な出願基準の目安となっています。一般入試の入試倍率はおおむね1.2倍〜1.5倍程度で推移しており、私立無償化政策の進展も手伝って安定した志望者数を集めています。
