手元の個数がフロアやチームの頭数に満たない場合、最も避けるべきなのは「足りなくなるまで適当に配り、途中で『あ、なくなっちゃいました』と打ち切る」対応です。配られなかった社員に「自分は軽視されているのか」という無用なわだかまりを生み、深刻な職場人間関係お土産トラブルの火種になりかねません。
「全員分ないなら配らない」という選択は、決してマナー違反でも失礼でもありません。お土産は業務の義務ではなく、あくまで個人の私的な好意です。中途半端な不公平感を生むくらいであれば、一切配らずに自宅で消費する、あるいは親しい友人へのお裾分けに回すほうが、組織のリスク管理として遥かに合理的です。
もし「休暇を取って迷惑をかけたから手ぶらは気まずい」と感じるなら、お土産という形にこだわらず、出社初日の朝に「不在中、業務をフォローいただきありがとうございました」と丁寧な言葉で謝意を伝えるだけで十分な誠意として伝わります。