日本全国で同じ番組が流れていると思われがちですが、キユーピー3分クッキングは日本テレビ系列局で放送される「日テレ版」と、中部日本放送（CBCテレビ／TBS系列中心）が制作する「CBC版」の2系統に分かれています。
1962年にスタートしたCBC版に続き、翌1963年に日テレ版が放送を開始したことで、長年にわたる独自の2本立て体制が確立されました。放送エリアは綺麗に分かれており、関東や北海道、東北、関西（読売テレビ）などでは日テレ版が、東海地方をはじめ北陸、山陰、九州の一部などではCBC版がネットされています。
両者の違いは出演陣にとどまりません。日テレ版は全国共通で手に入りやすい食材を中心としたスマートな王道おかずを得意とする一方、CBC版は名古屋をはじめとする中京圏の豊かな食文化を反映し、下味のしっかりしたコク深い味付けやボリューム感あふれる献立が目立ちます。さらに放送時間も、日テレ版が平日および土曜の午前11時45分〜11時55分であるのに対し、CBC版は午前11時20分〜11時30分と異なっており、遠征先や引っ越し先で違和感を覚える視聴者が後を絶ちません。
