冒険の第一歩となるオーキド研究所での選択。「フシギダネ」「ヒトカゲ」「ゼニガメ」のいわゆる初代御三家は、ゲームの難易度設計そのものに直結していました。
序盤のジムリーダーであるタケシ（いわ・じめん）、カスミ（みず）に対して、くさタイプのフシギダネは圧倒的有利に立ち回れるため「初心者向け」とされました。一方、ヒトカゲを選んだ場合は序盤に有効打がなく、ニドランやバタフリー（ねんりき習得）を育成する工夫が求められる「やりこみ仕様」となっていたのが特徴です。
また、初代赤緑の対戦バランスにおいて特筆すべきは「エスパータイプの圧倒的一強」です。当時は「あく」「はがね」タイプが存在せず、エスパーの弱点である「ゴースト」技が仕様の不備で効果がなかったため、実質的に弱点が「むし」タイプ（威力不足の技のみ）しかありませんでした。このアンバランスさこそが、通信対戦黎明期の熱狂を生み出すスパイスでもありました。
