チャリティプロジェクトにおいて常に検証されるべきは、集まった資金の流れと透明性です。「花は咲くプロジェクト」における最大の功績の一つは、作詞・作曲者、演奏者、参加アーティスト、そしてNHKが、本楽曲から生じる著作権料や印税収入を全額放棄・寄付するスキームを確立した点にあります。
公式発表資料およびNHKの開示情報によると、CD・DVDの売上利益やデジタル配信の収益、通信カラオケや国内外の演奏によって発生した著作権使用料は、公益財団法人車両競技公益資金記念財団や、東日本大震災で親を亡くした子どもたちの進学支援を行う被災地自治体の育英基金・復興支援基金へ継続的に拠出されてきました。
発売初年度だけで数億円規模の義援金が被災3県(岩手・宮城・福島)へと送られ、その後も全国の学校行事、合唱コンクール、音楽の教科書への掲載、さらには各種音楽ストリーミングサービスでの再生を通じて、毎期コンスタントな支援金が生み出されています。「一度きりの寄付イベント」で終わらせることなく、人々が日常の中で歌い、聴き、演奏する行為そのものが、震災遺児たちの修学支援や地域文化の復旧へと直結する自走型の持続的支援システムが構築されているのです。