ルールを把握する上で、知っておくべき「例外事項」がいくつか存在します。
まず、バントによる小飛球と鋭いライナー性の打球は、インフィールドフライの対象から明確に除外されています。バントフライやライナーが内野に上がった場合、インフィールドフライは宣告されません。そのため、内野手が意図的にワンバウンド捕球してダブルプレーを完成させる頭脳プレーがプロの試合でも時折見られます(ただし手で触って落とすと故意落球になるため、野手は触れずに地面へ落とす技術を用います)。
また、ドーム球場の天井や懸垂物に当たった打球の扱いや、風で押し戻されてフライがグラウンド境界を割った場合のファウル判定など、審判団の瞬時のジャッジが試合展開を大きく左右するのもこのルールの奥深い側面です。