札幌日大を語るうえで外せないのが、文部科学省から指定を受けている札幌日本大学高校のスーパーサイエンスハイスクール（SSH）事業です。道内の私立高校としては極めて早い段階から理数教育・探究学習に注力してきました。
SSHの取り組みでは、単なる教科書の暗記にとどまらず、大学の研究室や研究機関と連携したフィールドワーク、本格的な課題研究、国内外での研究発表会などを積極的に実施。自ら問いを立ててデータを収集・分析し、論理的にプレゼンテーションを行うスキルを早期から養成します。
この探究型学習の成果は、一般選抜のみならず、近年の大学入試で比重が高まっている「総合型選抜（旧AO入試）」や「学校推薦型選抜」においても圧倒的なアドバンテージとなり、難関大学への合格率を大きく押し上げています。
