入院治療が必要となった場合に気になるのが、差額ベッド代（特別療養環境室料）を含む自己負担費用です。大久保病院では、プライバシーを重視する患者のために複数のタイプの個室および少人数部屋を用意しています。
差額ベッド代の費用目安は、設備のグレード（バス・トイレ付き、テレビ・冷蔵庫完備など）に応じて1日あたり数千円から2万円前後まで幅があります。希望する場合は入院手続き時に病棟管理室へ申し出ることになりますが、救急搬送や重症患者の病床管理が優先されるため、空室状況によっては希望通りの部屋に入れないケースもあります。
また、予防医療への取り組みとして人間ドック・各種健康診断も提供されています。生活習慣病予防健診から精密ながん検診まで、充実した検査機器を用いた日帰り人間ドックを実施しており、新宿区民健診や企業指定健診の受け皿としても幅広く利用されています。
