栄東の教育プログラムを語る上で欠かせないのが、明確な目的意識に基づいたコース編成です。中学校段階では「東・医コース」と「難関大クラス」に分かれており、高校進学時にはさらに細分化された習熟度別指導が行われます。
大手模試（四谷大塚・日能研・SAPIX）における栄東中学校の偏差値は、東・医コースで四谷大塚60〜65前後、特待生入試では68前後に達し、都内難関上位校と完全に肩を並べています。難関大クラスでも偏差値55〜58前後を維持しており、入学時点での基礎学力は極めて高い水準です。
特に注目を集める東大クラスのリアルな評判について、教員や保護者への取材から見えてくるのは「徹底した伴走型の学力伸長システム」です。週6日制のカリキュラムに加え、朝テストや放課後講習、長期休暇中の特別講座が日常的に組み込まれています。単なる詰め込みではなく、アクティブラーニングや探究活動（AL）を取り入れた授業展開が行われており、生徒同士がハイレベルな刺激を与え合う環境が整っています。現場の教員からは「東大クラスの生徒は知的好奇心が非常に旺盛で、教員側にも高度な学問的指導力が常に求められる」という声が聞かれます。
