騒動の発端は2018年7月、都道府県連盟の幹部やオリンピアンを含む競技関係者333名が連名で、文部科学省や日本オリンピック委員会（JOC）などに提出した一通の告発状でした。そこには、日本ボクシング連盟の私物化、助成金の不正流用、公式試合における審判への不当な圧力など、計12項目に及ぶ不正が生々しく告発されていました。
なかでも世間の怒りを買ったのが、特定選手の勝敗を恣意的に操作したとされる「奈良判定」の真相です。山根氏の出身地である奈良県の選手が不可解な判定勝ちを収め続けた事例が次々と告白され、2016年の岩手国体における判定劇など、映像を通じた検証がテレビ各局で連日報じられました。さらに、審判員に対して山根氏へ高級品を贈呈するよう強いたとされるカンボジア時計の疑惑や、試合会場での豪華な特別待遇（特定のフルーツやミネラルウォーターの常備強要）など、常軌を逸した「おもてなしリスト」の存在が暴露されました。
当初は強気の姿勢を崩さず、テレビ生出演で自らの潔白を主張していた山根氏でしたが、過去の指定暴力団組長との親交を公に認めたことが決定打となり、組織防衛の限界を迎えます。2018年8月8日、大阪市内で開かれた緊急会見にて「本日をもって辞任いたします」と述べ、事実上の永久追放に近い形でボクシング界から去ることとなりました。これが社会を揺るがした山根会長の辞任理由の核心です。
