ラティオスの色違い最大の特徴は、機体メインカラーが通常色の深いスカイブルーから鮮やかなエメラルドグリーン（深みのある緑色）へと一変する点です。胸元の三角形パーツや翼、頭部の流線型ラインが鮮烈なグリーンに染まり、白銀のボディとのコントラストが際立ちます。さらに、瞳の色も通常色の琥珀色（イエロー系）から力強いオレンジ〜レッド系へとシフトしており、精悍な顔立ちが一層引き締まるデザインとなっています。
対となる妹ポケモン「ラティアス」の色違いとの対比も、ファンの所有欲を刺激する大きな要素です。通常色はラティオスが青、ラティアスが赤という対比ですが、色違いになるとラティオスが「緑」、ラティアスが「鮮やかな黄色（ゴールド）」へとシフトします。2匹を並べた際のカラーリングの調和は秀逸で、第3世代から続くペア伝説の象徴としてコミュニティでも絶賛され続けています。
