鳥羽シーサイドホテルの真骨頂とも言えるのが、自家源泉を含む多彩な3つの大浴場による「館内湯めぐり」です。館内だけで趣の異なる温泉を巡ることができ、湯巡り専用のスタンプラリーなども企画されています。
なかでも圧倒的な支持を集めているのが、汀館に位置する露天風呂「風見の湯」です。鳥羽湾の碧い海と島々を見渡す大パノラマが広がり、朝焼けや夕暮れ時には水面が茜色に染まる幻想的な光景が広がります。泉質は「アルカリ性単純温泉」で、角質をやさしく落とす美肌の湯としても評価されています。このほか、岬館の「岬の湯」や、落ち着いた和の風情が漂う「汀の湯」があり、それぞれに檜風呂やサウナ、ジャグジーなどが完備されています。
宿泊客だけでなく、伊勢神宮参拝の立ち寄りルートとして人気を博しているのが鳥羽シーサイドホテルの日帰り温泉・ランチプランです。昼食に伊勢志摩の旬を盛り込んだ特製御膳や会席を楽しみ、その後に絶景温泉を満喫できるプランが通年で提供されています。予約制のため混雑を避けて優雅な半日を過ごせることから、関西・中京圏からのドライブコースとしても定着しています。