通常クリアだけでは本作の真価の半分を味わったに過ぎません。全容を遊び尽くすためのエンドコンテンツについて解説します。
まず押さえるべきは、各ワールドに隠されたドンキーコングリターンズ 隠しステージの出し方です。解放条件はシンプルでありながら過酷を極めます。各ワールド内の全通常ステージに配置されている「K」「O」「N」「G」の4文字パネルをノーミス、もしくはリトライを重ねて全て回収することです。すべてのパネルを揃えると、ワールドごとに「〇-B（ラビリンスコース）」と呼ばれる超難関ステージがアンロックされます。
このラビリンスコースには中間ポイントが一切存在せず、一撃のミスも許されない極限のプレイスキルが試されます。そして、ワールド1から8までの全ラビリンスを制覇して手に入る「謎のオーブ」を集めることで、最終隠しワールド「黄金のしんでん」への扉が開かれる仕組みです。
さらにコレクターを悩ませるのがドンキーコングリターンズのパズルピース集めです。コース内の怪しい花に息を吹きかける、地面の特定の窪みでハンドスラップ（地面叩き）を行う、背景の隠し部屋を見つけ出すなど、探索の緻密さが要求されます。全パズルピースを回収することでギャラリーの貴重な設定資料やジオラマが解放されるため、隅々まで観察する洞察力が試されます。
