本作最大の特徴であり、前作のバトルセオリーを根本から覆したのが「超進化システム」の存在です。後攻プレイヤーがターン進行に応じて獲得する「SEP（スーパー進化ポイント）」を消費することで、通常の進化を超えたスタッツ上昇と、規格外の「超進化時能力」が誘発します。これまでのTCGにおいて構造的な弱点とされてきた「先攻のアドバンテージ固定化」に対し、超進化は明確なカウンターウェイトとして機能しています。
そして、この超進化の恩恵を極限まで引き出しているのが、新クラス「ナイトメア」に他なりません。ネクロマンサーの持つ墓場利用・ラストワードと、ヴァンパイアが誇る自傷・復讐ギミックを統合したこの新クラスは、リソースマネジメントの難易度と引き換えに驚異的な爆発力を備えています。新リーダー「ドライツェン」や「ラヴ」といった個性的かつダークな魅力を持つキャラクターたちとともに、ナイトメアは登場初期からメタの上位に君臨し続けています。
取材班がトップランカー複数名に行ったヒアリングによると、「ナイトメアの真の恐ろしさは、超進化ポイントが解禁されるターンからのリーサル計算の狂わせ方にある」と口を揃えます。自身の体力を削りながら墓場を肥やし、超進化によって一瞬で盤面を全滅させつつライフを急回復するムーブは、対戦相手に極度のプレッシャーを与えます。超進化の切りどころ一つで勝敗が暗転する緊張感は、ビヨンドならではの醍醐味と言えます。
