本作には、考察ファンの探究心を刺激する象徴的な暗号やシチュエーションが多数散りばめられています。その代表格が、物語後半に登場する不気味なトンネルです。
宗介とポニョがリサを探す道中に現れるトンネルは、入り口が近代的なコンクリート造りであるのに対し、出口側は苔むした太古の石造りへと変貌しています。トンネルに入った途端、ポニョは強い拒絶反応を示し、魔法の力を失って半魚人から魚の姿へと戻ってしまいます。このポニョのトンネルの謎について、民俗学的な「異界と現世を隔てる産道・結界」であるとの見解がファンの間で定着しました。
また、リサが運転する軽自動車のナンバープレートに記された「329」という数字も話題を呼びました。ネット上ではポニョ329の数字の意味として、「329＝皆（3）行く（19）の語呂合わせ」「釈迦の入滅日や位牌に関連する不吉な暗号」といったオカルト的な憶測が飛び交いました。しかし、スタジオジブリの制作デスク周辺の証言によると、作画スタッフの個人的な語呂合わせや作画上の記号に過ぎず、死の暗号という解釈はネットコミュニティによる後付けの創作である可能性が極めて高いとされています。
一方、宗介の母であるリサの正体と裏設定についても多くの議論が存在します。息子の前で激しく感情を露わにし、暴風雨の中を危険を冒して車を走らせる彼女の姿は、一般的な「良妻賢母」の枠組みを大きく逸脱しています。リサが海の女神・グランマンマーレと対面した際、恐怖も抱かず対等に言葉を交わす場面から、「リサ自身もかつて海からやってきた存在ではないか」「巫女としての素質を持っている」といった裏設定が囁かれる要因となっています。そして、ポニョの母である海の母神にはグランマンマーレ観音菩薩説が存在し、慈愛と圧倒的な異能を併せ持つ神仏の化身として解釈されています。
