学校教育や公的機関の公式資料、地理学・経済学の標準的な枠組みにおいて、日本の三大都市とは「東京（特別区）・大阪市・名古屋市」の3都市を指します。この位置づけは、単なる知名度や主観的なイメージではなく、国土形成の歴史と都市圏構造に基づいています。
国土交通省が定める国土形成計画をはじめとする国の施策では、日本列島を牽引する3大核として「首都圏」「近畿圏」「中京圏」を設定しています。これらは三大都市圏と総称され、それぞれの中核を担う政治・経済・交通の結節点が東京、大阪、名古屋です。1964年の東海道新幹線開業以降、太平洋ベルト地帯の基軸としてこの3拠点が日本経済の高度成長を牽引してきた歴史的経緯が存在します。
国勢調査などの統計分析を管轄する総務省統計局の基準でも、大都市圏の設定において「関東大都市圏（中心：東京特別区・横浜市・川崎市など）」「近畿大都市圏（中心：大阪市・京都市・神戸市）」「中京大都市圏（中心：名古屋市）」という3大ブロックが基礎とされており、全国的な影響力を持つ独立した経済圏の心臓部として名古屋が「第3の都市」に位置づけられています。
