家族を健康保険の扶養に入れる際の手続きや判定基準にも、組合健保ならではの特徴があります。いわゆる「年収130万円の壁」（60歳以上または障害者は180万円）という基本ルールは共通ですが、扶養認定の細かな基準は各健康保険組合の規約によって判断が分かれます。
特に交通費（通勤手当）や副業収入、賞与の算入基準について、協会けんぽよりも厳格な調査を行う組合が存在します。一方で、近年進む社会保険適用拡大の流れを受け、一時的な増収であれば事業主の証明によって扶養を維持できる特例措置の適用など、最新ルールの運用を柔軟に行う組合もあります。
また、会社を退職した後の「任意継続」の選択においても注意が必要です。退職後最長2年間、元の健康保険を継続できる任意継続制度ですが、保険料は全額自己負担（従来の会社負担分も含む）となります。ただし、任意継続には「保険料の上限額」が定められており、協会けんぽと組合健保でその上限設定が異なります。退職後に「国民健康保険」へ切り替える場合の手続きと、任意継続の保険料を天秤にかけ、どちらが年間支出を抑えられるか入念なシミュレーションが求められます。
