鮒寿司の製造は、途方もない手間と時間をかけて行われます。その基本工程は大きく分けて「塩漬け」と「本漬け」の2段階です。
春（3〜5月）、水揚げされた子持ちニゴロボナのエラと内臓を傷つけずに取り出し、大量の粗塩で漬け込みます。この塩漬けの期間は約3ヶ月から1年。しっかりと水分を抜き、魚の雑菌を抑え込みます。
土用の丑の日前後の真夏、塩出ししたフナを丁寧に洗い、硬めに炊いた滋賀県産米をフナのエラ蓋や腹の中にぎっしりと詰め込みます。そして桶の中にフナとご飯を交互に何層も敷き詰め、重石を載せて密封する「本漬け」に入ります。ここから最短でも半年から1年、長期熟成のものでは2〜3年の時間をかけ、米のデンプンが乳酸発酵によってドロドロのクリーム状（飯：いい）へと変化し、骨まで柔らかく熟成されるのです。
