周囲には小学生として振る舞うコナンですが、作中にはその正体を知る協力者やライバルが複数存在します。味方陣営の結束は、黒の組織に対抗するための最重要ファクターです。
現在、コナンの正体を工藤新一だと把握している主な人物は以下の通りです。
・阿笠博士：最初に正体を明かした最大の協力者。メカ開発でサポート。
・工藤優作・有希子夫妻：新一の両親。世界的な推理力と情報網でバックアップ。
・服部平次：コナンの言動から自力で看破。「ホームズ・フリーク殺人事件」で正体を暴き、無二の相棒に。
・灰原哀（宮野志保）：APTX4869の開発者。新一の生家を調査した際に幼児化を確信。
・怪盗キッド（黒羽快斗）：劇場版『世紀末の魔術師』以降、コナンの通信を傍受・調査して把握。
・赤井秀一（沖矢昴）：工藤邸に居候する過程でコナンの正体を完全に察知。
・ベルモット：組織の幹部でありながら、新一と蘭を「シルバーブレット」「エンジェル」と呼び、正体を隠蔽し続けている。
ファンの間で「正体バレの神回」として語り継がれるのが、コミックス12〜13巻収録の平次との対決や、蘭がコナンの正体を強く疑う「命がけの復活」シリーズです。蘭には幾度となく正体を怪しまれながらも、阿笠博士の機転や変装、一時的な解毒薬による新一とコナンの同時登場などで危機を脱してきました。
