神社とお寺の相違点を本質から理解するには、神道と仏教の根本的な違いという宗教観の根源に目を向ける必要があります。両者は信仰の対象も、死生観も、祀り方の哲学も全く異なるルーツを持っています。
神社が奉じる「神道」は、日本古来の自然崇拝や祖先崇拝から発展した民族宗教です。山、川、木、岩、風、雷といった自然界のあらゆる事象に神が宿ると考える八百万の神（やおよろずのかみ）を崇拝します。神道において神は目に見えない存在であるため、本殿の奥深くには「鏡」「剣」「勾玉」あるいは「御幣（ごへい）」などのご神体が安置され、神が宿る依り代として祀られます。
これに対して、お寺が奉奉じる「仏教」は、紀元前5世紀頃に古代インドの釈迦（ゴータマ・シッダールタ）によって開かれた教えです。信仰の対象は、悟りを開いた釈迦如来をはじめとする仏様（如来・菩薩・明王・天部など）です。寺院の本堂には、拝む対象として精緻に造形された仏像（本尊）が堂々と安置され、線香の香煙や読経とともに供養されます。
仕える聖職者の役職や立ち位置も明確に分かれています。
- 神社の神職（宮司・禰宜・権禰宜）：神と人との間を取り持ち、祭祀を執り行い祝詞を奏上する存在。世襲制の歴史が長く、家庭を持つことが前提とされてきた背景があります。
- お寺の僧侶（住職・和尚・方丈）：仏の教えに従って修行を積み、民衆に教義を説き、法要や死者の回向を行う宗教指導者。「住職」は一寺院の管理責任者を指す役職名であり、「僧侶」は仏門に入った修行者全般を指す総称です。
かつて日本では、飛鳥時代から明治初期に至るまで千年以上もの間、神と仏が一体として祀られる神仏習合（しんぶつしゅうごう）の思想が定着していました。「神様は仏様が日本で仮の姿となって現れたもの」とする本地垂迹説（ほんじすいじゃくせつ）が広く信じられていたためです。しかし、明治元年（1868年）に明治政府が発令した神仏分離令とそれに伴う廃仏毀釈運動によって神社とお寺は厳格に制度分離され、現在見られる明確な区分が確立されました。
