騒動を受け、製造元を管轄する目黒区保健所が即座に立ち入り検査を開始した。現場の衛生状態や製造ラインの聞き取り調査が行われ、事態の重さを重くみた行政側は厳格な処分へと動く。厚生労働省の公式公開情報において、問題のマフィンは最高レベルの危険度を示す「CLASS 1 リコール」（クラス1自主回収）に指定される事態となった。
CLASS 1 リコールとは、摂取によって重篤な健康被害や死亡の原因となり得る最高ランクの回収区分である。行政機関が公表したこの厳しい判断は、単なる店舗レベルの食品トラブルではなく、国家レベルで警戒すべき食中毒事案であることを意味していた。保健所の指導のもと、全商品の回収作業と原因物質の特定に向けた徹底的な調査が進められた。
