進学情報誌や福岡県私学協会の公表指標をもとに精査すると、第一薬科大学付属高校 偏差値はコースごとに大きく分極化しています。普通科の中に複数の専門的な教育課程が設置されているため、「学校全体の平均偏差値」という単一の数字だけで判断すると、合格難易度を見誤る危険性があります。
第一薬科大学付属高等学校 コース別難易度の最高峰に位置するのが「薬進コース」です。偏差値は48〜52程度で推移しており、私立の医療系進学校として基礎学力の定着と理科・数学の応用力が厳格に求められます。公立高校の併願先としては、福岡県立の中堅上位高（偏差値50〜55水準）を受験する層の滑り止めや、医療従事者を明確に目指す専願層が集まります。
標準的な普通科（進学・キャリア・ITビジネス・保育福祉等）の偏差値は38〜42前後、そして全国区の知名度を誇る第一薬科大学付属高校 芸能コース 偏差値は37〜40前後に設定されています。ただし、芸能コースに関してはペーパーテストの点数以上に、面接での意欲表現、実技試験（歌唱・ダンス・演技・自己アピール）の完成度が選抜に直結します。
第一薬科大学付属高校 合格ライン・ボーダーの目安として、一般入試での得点率は薬進コースで60〜65%以上、普通科標準コースで35〜40%程度が安全圏とされています。通知表の評定（内申点）については、薬進コースで9教科合計27〜30（オール3以上）、その他のコースでは20〜24程度が一つの基準です。
