『薬屋のひとりごと』の世界観を読み解く上で欠かせないのが、後宮・外廷（軍部・官僚）・花街という3つの異なる社会階層の交差です。一見すると閉ざされた園である後宮で起きる事件は、すべて外廷の権力闘争や花街の過去の因縁と密接に結びついています。
物語の中心に位置する猫猫は、花街の薬師でありながら卓越した薬理知識と冷徹な観察眼を買われ、壬氏に拾われて後宮の毒見役となりました。しかし、彼女自身が宮廷中枢を牛耳る名門「漢一族」の直系であるという血統の皮肉が、彼女を否応なく国家の暗闘へと巻き込んでいきます。
宮廷内の権力バランスは、皇帝を頂点としながらも、軍事・政務を司る官僚層、そして後継者争いを繰り広げる上級妃（四夫人）の実家勢力によって常に緊張状態に置かれています。特に、壬氏を取り巻く側近の高順（ガオシュン）やその息子・馬閃（バセン）らの忠義、外廷で圧倒的な権勢を誇る漢羅漢の存在が、後宮内の出来事と緊密に連動している点が本作の構造的特徴です。
