「印を結ぶ」という行為の歴史的由来を紐解くと、古代インドのサンスクリット語「ムドラー（Mudrā）」に行き着きます。ムドラーとは本来、「封印」「歓喜」「象徴」「刻印」を意味する言葉であり、心の内面にある覚醒や真理を身体の外側に具現化する技術でした。これが仏教に取り入れられ、中国を経て日本へと伝来する過程で、密教（真言宗や天台宗）の根幹をなす「手印（しゅいん）」や「印契（いんけい）」へと昇華しました。
日本国語大辞典などの文献調査によると、古典文学における初出例の一つとして平安末期の歴史物語『今鏡』（1170年頃成立）が挙げられます。そこには「そのいむをむすびて真言を唱へ侍らんに、いかでかならぬやうは侍らん」（その印を結んで真言を唱えたならば、どうして願いが叶わないことがあろうか）と記されており、12世紀の時点で手指の所作と呪文の組み合わせが絶大な霊験を持つと信じられていた事実が確認できます。
密教における印を結ぶ意味の根底にあるのは、「三密加持（さんみつかじ）」の思想です。人間を構成する三つの要素である「身体の動作（身密）」「発する言葉（口密）」「心の想念（意密）」を、宇宙の根源仏である大日如来と完全に一致させる修行法を指します。具体的には以下の三位一体によって成立します。
- 身密（しんみつ）：手で特定の印を結び、仏の肉体的境地を再現する。
- 口密（くみつ）：口で特定の真言（マントラ）を唱え、仏の波動に波長を合わせる。
- 意密（いみつ）：心の中で仏の姿や宇宙の真理を観想（瞑想）し、雑念を完全に払う。
寺院に鎮座する仏像の手の形（印相＝いんそう）は、その仏がどのような悟りの境地にあり、衆生にどのような救いを与えるかを示す無言のサインです。右手を肩の高さまで上げて手のひらを前に向ける「施無畏印（せむいいん）」は「恐れなくてよい」という精神的安心を授け、左手を下げて手のひらを前に向ける「与願印（よがんいん）」は人々の願いを叶える誓いを表します。また、金剛界大日如来が結ぶ「智拳印（ちけんいん）」は、左手の人差し指を右手で包み込むことで、個人の無知な心が仏の究極の知恵によって包摂される絶対境を示しています。
平安時代から中世にかけて、この密教の手印体系は山岳修行者である修験道や、天文学・呪術を司る陰陽道、さらには過酷な情報戦を生き抜く忍者（忍びの者）の実戦技術へと移植されていきました。陰陽道においては、符（神札）や呪（呪文）と並ぶ術式の三本柱として「印契」が位置付けられ、神仏の加護を召喚し自身の身を不可視化・不可逆化する防壁として重宝されたのです。
