六年生を語る上で欠かせないのが、学級（い組・ろ組・は組）ごとの「同室コンビ」としての絆と、全学年を横断する「委員会組織」におけるリーダーシップです。
六年い組（潮江文次郎 × 立花仙蔵）：エリートの矜持と意地の張り合い
詳細を見る成績優秀で理論派・実践派の筆頭が集まる「い組」。潮江文次郎と立花仙蔵は、学園の二大巨頭として常にプロ意識を高く保っています。朝から晩まで鍛錬を欠かさず10キロの鉄そろばんを振る文次郎に対し、仙蔵は常に優雅さを崩さず火薬の調合と作法を重んじます。一見すると水と油のような二人ですが、いざ任務や合戦となれば、言葉を交わさずとも背中を預け合える絶対的な実力者同士の信頼関係で結ばれています。
六年ろ組（七松小平太 × 中在家長次）：動と静、剛と柔の阿吽の呼吸
「暴走特急」と呼ばれる七松小平太と、「沈黙の武神」たる中在家長次。一見すると両極端な性格の2人ですが、ろ組の絆は学園内でも随一の強固さを誇ります。小平太の無尽蔵のエネルギーを長次が静かに見守り、時に最小限の言葉「もそ…」で軌道修正する姿は、まさに阿吽の呼吸。長次が唯一感情を露わにする瞬間や、小平太が長次の意図を瞬時に察知するエピソードは、ファンの間でも屈指のエモーショナルな名場面として知られています。
六年は組（善法寺伊作 × 食満留三郎）：伝説の「同室シリーズ」を産んだ魂の共鳴
忍術学園の中でも突出した人気を誇るのが、六年は組の2人です。アニメ第19シリーズ以降、ほぼ毎シーズン恒例のスペシャル回として定着した「同室シリーズ」（「同室の決闘の段」「同室のすれ違いの段」「同室の危機の段」など）は、常にSNSトレンドの上位を独占してきました。
何をやっても不運に見舞われ、落とし穴に落ちたり敵に遭遇したりする善法寺伊作。そして、それに文句を言いながらも「後輩と伊作を見捨てるわけにはいかない」と武器を構えて前に出る食満留三郎。利害関係を超えた2人の自己犠牲と友情のドラマは、ファンの心を強く揺さぶり続けています。
