航路のスケジュールと手続き締切時間は、旅の成否を分ける生命線です。大分神戸フェリー時刻表の基本ダイヤ（標準運航パターン）は以下のとおり設定されています。
- 日曜日〜木曜日便：大分港 19:15発 → 神戸港（六甲アイランド）翌朝 06:35着
- 金曜日・土曜日便：大分港 19:30発 → 神戸港（六甲アイランド）翌朝 07:55着
ここで絶対に軽視してはならないのが、さんふらわあ乗船手続きの流れです。公式アナウンスでは、徒歩乗船の場合は「出港40分前まで（遅くとも30分前厳守）」、マイカー・バイク積載の場合は「出港90分〜60分前まで」に窓口での手続き、またはスマート乗船用二次元バーコードの発券手続きを完了させることが求められます。
現場の運行管理データによると、「出港時刻の30分前」を1分でも過ぎると発券システムが自動的に締め切られ、予約があっても乗船を断られるケースが実際に発生しています。船長および運航管理者は、定刻離岸に向けて貨物車と乗用車の積載重量配分を最終決定しなければならないためです。週末や行楽シーズンは、窓口手続きの列や改札ゲート前の列が長引く傾向にあります。遅くとも出港1時間前（車両は1時間半前）にはターミナル内に足を踏み入れているのが、プロが実践する鉄則です。
なお、台風や濃霧、海上シケによる運休・遅延リスクを避けるため、出発当日の午後には必ず公式サイトのさんふらわあ運航状況最新ニュースを確認する習慣をつけてください。
