漫画版のクライマックスにおける最大の見どころは、碇シンジという少年の精神的成長と決断のプロセスです。コミック版第14巻で描かれる人類補完計画の発動シーンは、一見すると旧劇場版『Air/まごころを、君に』の展開を踏襲しているように見えます。しかし、シンジの内面描写はアニメ版よりも遥かに解像度が高く描かれました。
初号機に取り込まれ、全人類の心が一つに溶け合う補完計画の渦中で、シンジは母・碇ユイや綾波レイとの対話を重ねます。他者との境界線が消え去った絶対的な平穏の中で、シンジが選んだのは「傷つき、拒絶される恐怖があっても、もう一度他者が存在する世界で生きていきたい」という願いでした。
量産機との壮絶な死闘の末、シンジは初号機とともに補完計画を自らの意志で拒絶します。この決断によって巨大な綾波レイ（リリス）は崩壊し、初号機はユイの魂とともに宇宙の彼方へと旅立ちました。地球上には、白く石化した量産型エヴァンゲリオンの残骸が巨大なモニュメントのように大地へ突き刺さり、戦いの終わりを告げたのです。
