一度に大量の数の子を口にすると、胃もたれや腹痛、さらには下痢といった消化器系のトラブルに見舞われるケースが報告されています。数の子の粒一つひとつを包む外皮は強固なたんぱく質で構成されており、咀嚼が不十分なまま胃に送り込まれると消化吸収に過度な時間を要するためです。
特に冷えた状態で大量に摂取したり、アルコールと同時に摂取したりすると、胃腸の蠕動運動が乱れて消化不良を起こしやすくなります。調味液に含まれる唐辛子や過剰な醤油の塩分も腸壁への強い刺激因子となります。
また、脂質代謝の観点からコレステロール値への影響を気にする声も聞かれます。数の子100gあたりのコレステロールは約370mgとやや高めですが、鶏卵1個（約200mg）と同程度です。日常的な適量を守っている限り、血中コレステロールを急激に悪化させる要因にはなりにくいため、過度に恐れる必要はありません。
