『妖怪ウォッチ3 スキヤキ』の目玉要素である「神妖怪」は、QRコードを読み込むだけで手持ち妖怪に直接加わるわけではありません。QRコードを読み込むことで専用の「ストーン」を入手し、追加モード「バスターズT（トレジャー）」のダンジョン「神の山」に挑戦して勝利することで、一定確率で友達（仲間）になります。
神妖怪ごとのQRコード読み込みと入手までの具体的なルートは以下の通りです。
1. 覚醒日ノ神（かくせいひのかみ）
覚醒日ノ神のドリームメダル裏面にあるQRコードを読み込むと、「日ノ神ストーン」が手に入ります。バスターズTの神の山にある「日ノ神の迷宮」へ挑み、ボスの覚醒日ノ神を倒すことで友達になるチャンスが発生します。高い火力と広範囲のビーム攻撃を持つ強力なアタッカーです。
2. 先代閻魔大王（せんだいえんまだいおう）
先代閻魔大王のQRコードを読み込むと「先代閻魔ストーン」を入手できます。専用ダンジョン「先代閻魔の迷宮」をクリアすることで仲間化を狙えます。圧倒的なステータスと専用技を誇り、パーティの主力として終盤のボス戦でも大活躍します。
3. ぬらり神（ぬらりがみ）
ぬらり神のQRコードを読み込むことで「ぬらりストーン」を獲得できます。「ぬらり神の迷宮」を突破することで仲間にできます。味方のサポートや回復、状態異常対策に優れたトップクラスのヒーラー・サポーター性能を持ちます。
4. 覚醒エンマの入手方法
映画連動メダルなどの覚醒エンマ関連QRコードを読み込むと、「エンマブレード」や「覚醒エンマ魔笛」に関連するアイテム、または「エンマストーン」が入手可能です。スキヤキ版のアップデート（Ver.3.0以降）を適用することで挑める「エンマ宮殿」や神の山ダンジョンで覚醒エンマを仲間にするルートが開かれます。
