クライマックスのボストン決戦において、生体エネルギーの臨界点に達したゴジラは赤熱する「バーニングゴジラ」へと覚醒を遂げました。放たれた体内放射はキングギドラの肉体を分子レベルで焼き尽くし、最後に残った中央の首を放射熱線で消滅させることで、地球の生態系を揺るがした偽りの王は完全に屠られました。
生き残ったラドンをはじめ、世界各地から集結したベヒモス、スキュラ、メトセラといったタイタン（巨獣）たちが次々と頭を垂れ、ゴジラへ服従の礼を捧げるラストシーンは、まさに怪獣王の「戴冠式」と呼ぶにふさわしい荘厳さを放っています。
しかし、物語は平穏な終息では終わりません。エンドロール中に流れる新聞記事や調査レポートの断片には、極めて重要な情報が詰め込まれていました。
- 怪獣による地球環境の急速な再生：タイタンの移動放射線により、アマゾンの熱帯雨林が再生し、氷河の融解が止まるなど、地球の治癒現象が報告される。
- スカルアイランド（髑髏島）の異変：島へ向かうタイタンたちの動きや、巨大類人猿コングの存在を示唆する記録。
- 地下空洞説（ホロウ・アース）の裏付け：怪獣たちが太古から行き来していた地下世界の存在が公となる。
- 太古の壁画：ゴジラとコングの祖先が激突している古代の壁画が発見される。
そしてポストクレジットシーンでは、劇中でゴジラに噛みちぎられたキングギドラの左首（通称：サン）を漁師が引き上げ、チャールズ・ダンス演じる環境テロリストのアラン・ジョナがそれを買い取る場面が描かれます。この首に残された残留思念と神経ネットワークこそが、次作『ゴジラvsコング』においてエイペックス社によって利用され、暴走する「メカゴジラ」の頭脳ユニットとなる運命の伏線でした。
