結論から言うと、ミニトマトは「小さなトマト全体の総称（カテゴリー名）」であり、プチトマトは「タキイ種苗が開発した特定の登録品種名」です。つまり、「柑橘類（総称）」の中に「温州みかん（品種）」があるのと同じ関係性にあります。
かつて日本で流通していたトマトといえば、大きくて酸味のある大玉トマトが主流でした。しかし1970年代、日本の住宅事情が激変し、団地やマンションのベランダで手軽に栽培できる家庭菜園用として、種苗メーカー大手のタキイ種苗が1975年に発売したのが「プチトマト」でした。フランス語の「プチ（小さい）」と「トマト」を掛け合わせたキャッチーな命名と、一口サイズの手軽さが都市部を中心に大ブームを巻き起こしました。
当時の特番インタビューや農業専門誌の記録によると、昭和50年代の八百屋やスーパーの店頭には「プチトマト」の段ボールが溢れ返り、瞬く間に「小さなトマト＝プチトマト」という認識が日本全国に定着しました。この爆発的ヒットが、今なお世代を超えて呼び名が残っている最大の理由です。
しかし、プチトマトは果肉が柔らかく輸送時に傷みやすいという弱点がありました。平成に入ると「甘くて皮が薄く、日持ちする」さらに優れた品種が各社から次々と開発されます。その結果、市場での競争力を失った元祖「プチトマト」は、2007年をもって種子の販売を終了しました。現在スーパーで販売されているものはすべて、プチトマト以外の多様な「ミニトマトの最新品種」です。
