落選続きのファンから不満が噴出する一方で、運営側も手をこまねいていたわけではない。2025年後半から2026年にかけて、ポケモンセンターオンラインの抽選システムには目立たない形で大規模なセキュリティ改修が施された。いわゆる「サイレント改修」だ。
最大の変更点は、高度化する購入ボットの自動検出エンジンのアップデートである。フォーム入力にかかるミリ秒単位の挙動パターン分析や、同一IPアドレス群からの大量アクセス遮断が大幅に強化された。さらに、一時的な使い捨て電話番号（SMS認証）や仮想クレジットカードによる複数応募パターンを、データベース上で即座にフラグ付けして抽選対象から自動排除する仕組みが組み込まれている。
