組織の拡大と経済的成功の陰で、内部の歪みもまた確実に進行していた。直参組長たちの利害対立や、旧来の伝統を重んじる古参幹部と近代化を急ぐ若手層との葛藤は、次第に表面化していった。内部統制を強めれば強めるほど、組織内の反発や離脱の動きが潜在化するリスクを抱えていたのである。
さらに、指導者自身の健康状態の悪化が追い打ちをかけた。2000年代初頭にかけて病魔との闘いが続くなか、後継者問題を巡る暗闘や組織内の主導権争いが静かに進行し、かつての絶対的な結束力には徐々に陰りが見え始めた。2005年の死去により、ひとつの時代が完全に終焉を迎えることとなった。
