苫小牧フェリーを利用する上で最も注意しなければならないのが、「苫小牧西港フェリーターミナル」と「苫小牧東港周文フェリーターミナル」の取り違えです。この2つの港は名前こそ同じ「苫小牧」を冠しているものの、直線距離で約20km、道路走行距離で約30kmも離れており、車でも移動に35〜40分ほど要します。
西港（苫小牧西港フェリーターミナル）は苫小牧市街地に隣接しており、商船三井さんふらわあ、太平洋フェリー、シルバーフェリーの3社が発着します。JR苫小牧駅から路線バスで約17分、札幌駅前バスターミナルからの都市間高速バス「とまもまい号」も直接乗り入れており、公共交通機関でのアクセスが極めて良好です。ターミナルビル内には大型売店、レストラン、送迎デッキが完備されています。
一方の東港（苫小牧東港周文フェリーターミナル）は厚真町寄りの工業地帯に位置し、新日本海フェリー専用の発着ターミナルとなっています。市街地からは大きく離れており、公共交通機関はフェリーの発着時間に合わせて運行されるJR南千歳駅・苫小牧駅発着の連絡バス（一部完全予約制）に限られます。
カーナビゲーションで単に「苫小牧フェリーターミナル」と設定すると、高確率で西港へ案内されます。新日本海フェリーを利用する際は、必ず「苫小牧東港フェリーターミナル」または「周文埠頭」を指定してルート検索を行ってください。
