鹿商を語る上で欠かせないのが、全国大会出場実績を多数誇る部活動の評判です。特に鹿児島商業高校野球部は、夏の甲子園やセンバツに幾度も出場した歴史を持つ名門中の名門。共学化後もその伝統と士気は一切衰えておらず、県内の強豪私立と鎬を削る熱戦を繰り広げています。
男子バレーボール部や相撲部、弓道部なども県内トップクラスの実力を維持していますが、共学化以降に顕著となったのは文化部および新設女子部活動の躍進です。情報処理部や簿記部、ワープロ部といった商業系クラブは、各種競技大会で九州大会・全国大会の常連となっており、資格取得や進路直結の実績を次々と叩き出しています。
在校生へのヒアリングやネット上の口コミを分析すると、「女子が入ったことで部活動の応援や学校行事（文化祭・体育祭）の盛り上がりが華やかになった」「男子校時代の礼儀正しい挨拶や団結力が良い形で引き継がれており、居心地が良い」といった前向きな評価が大多数を占めています。
